Michael et Lincoln poursuivent Whistler qui s’est échappé. Whistler, qui pense les avoir semé, appelle Gretchen pour la prévenir qu’il vient la rejoindre comme prévu. Mais Lincoln surgit dans son dos et l’assomme. Les frères contactent alors à leur tour Gretchen et lui donnent un RDV à la place Francia dans 10 minutes.
Mahone se rend dans un bar et sans argent réclame son addition. Puis, il regarde sans cesse une banque dans la rue d’en face.
Alphonso et son fils n’ont pas de solution. Ils sont toujours face au barrage policier mais il n’y a pas d’autres issues. Finalement, McGrady se cache sous la banquette avant et son père s’arrange pour passer le barrage sans encombre.
De son côté, Sucre est tour à tour torturé et battu mais il ne lâche aucune information sur Michael et les autres.
Pendant ce temps, Bellick trouve que sans Lechero et Sammy, Sona n’a plus de « gouvernance » et bascule dans l’anarchie. T-Bag vient en aide à Léchero, toujours gravement blessé et alors que d’autres détenus s’en prenaient à lui. Au grand étonnement de Bellick, T-Bag lui révèle même qu’il est lié à lui et qu’il ne souhaite pas le laisser tomber. Après tout ce qu’il a fait pour lui, il trouve naturel de lui rester loyal. Ils l’emmènent tous deux à sa cellule et font fuir d’autres prisonniers squatteurs avec le révolver. Puis, T-Bag révèle à Lechero que les règles ont changées et qu’à présent il y a un nouveau général puisque l’ancien a été abattu. Il y a un garde qui serait susceptible de les faire sortir moyennant une grosse d’argent : $50 000 ! Et, T-Bag sait que quelqu’un détient cette somme. Il se tourne vers Lechero.
Gretchen arrive pour l’échange avec Sofia et LJ. Lincoln patiente à une terrasse avec James qu’il tient en joug. Puis, Michael appelle Gretchen… Elle est impressionnée car personne ne s’était encore évadé de Sona. Elle dit à Michael qu’il devrait plutôt travailler pour la Compagnie. Même si Lincoln possède une arme, tous savent que des snipers sont placés sur les toits et qu’ils n’hésiteront pas à le tuer une fois l’échange réalisé. Cependant, Michael informe Gretchen que ce lieu n’est pas vraiment celui du point d’échange. C’était juste pour s’assurer que tous les otages étaient vivants. Elle devra se rendre sur le lieu du nouveau RDV dans 5 minutes… Il s’agit du Musée des antiquités que Michael a minutieusement observé depuis la boutique des souvenirs… Il a gravé une parfaite réplique du Musée dans sa tête.
Gretchen arrive et remarque qu’à l’entrée du musée, il y a une borne de détecteurs de métal par laquelle le public doit automatiquement passer. Elle est donc obligée de laisser son arme à ses agents à qui elle demande de se disperser près des différentes sorties du musée. LJ ricane en voyant la scène ce qui agace encore plus Gretchen. Elle les presse d’avancer mais LJ insiste et lui dit que face à Michael, personne ne fait le poids. Ils ne gagneront pas. Puis, ils passent tous les trois l’entrée du musée.
Puis, ils se retrouvent tous face à face. Evidemment, chaque partie demande à l’autre de commencer l’échange mais c’est finalement Michael qui insiste le plus. LJ se dirige vers son père tandis que James va à l’encontre de Sofia et Gretchen. Tous s’embrassent. Gretchen tente de presser James et Sofia de bouger au plus vite mais Sofia se met à poser des questions. Elle veut voir les coordonnées pour lesquelles elle a été torturée. Elle insiste pour les voir. Whistler essaye de stopper son investigation. Mais c’est finalement Gretchen qui met le feu aux poudres. Elle lui révèle qu’il n’y a jamais eu de coordonnées. Le moment est très tendu. Sofia change d’avis et laisse Whistler sur place et se dirige contre toute attente vers Lincoln.
Gretchen dit à Michael qu’il peut partir mais ce dernier sait pertinemment qu’elle a sûrement posté des agents devant chaque sortie. Gretchen est toujours impressionnée… Puis, Michael lui montre une autre sortie, celle réservée lorsqu’il y a de gros incidents. Et justement, Michael en créé un spécialement pour l’occasion. Il brise volontairement une vitre qui conserve une antiquité et provoque ainsi l’alarme du musée… La porte réservée aux urgences est donc ouverte désormais. Gretchen sourit. Ils s‘enfuient tous.
Puis, finalement la police découvre un objet dans la poche de Whistler que Michael avait glissé à son insu juste après être entrer au musée. De plus, il reconnaisse James en tant qu’évadé de Sona…
Mais dans la confusion, avec la police et les agents de la Compagnie qui interviennent pour aider Gretchen, Sofia est touchée et s’écroule. Les flics sont eux aussi attaqués ce qui permet à James de s’enfuir avec Gretchen en laissant Sofia pourtant blessée derrière lui. Gretchen lui dit qu’il se retourne l’aider, il se fera arrêter.
Lincoln tente de venir en aide à Sofia mais LJ intervient et le supplie de partir. Il pourrait lui aussi être arrêté de nouveau. Il promet à son père de s’occuper de Sofia. Ils se retrouveront plus tard.
Puis, James monte dans la camionnette tandis que Gretchen regarde une dernière fois aux alentours. Michael, proche d’eux, sort une arme et braque Gretchen. Il veut la tuer pour se venger de la mort de Sara. Mais il la rate… et Gretchen s’enfuit.
A l’intérieur de la camionnette, elle s’en prend à Whistler quand il lui avoue qu’il a perdu le bouquin en route…
A Sona, T-Bag trahit finalement Lechero. Après que ce dernier ait appelé pour obtenir l’argent et contacté la prostituée, Mary Francis, pour qu’elle lui apporte, T-Bag l’étouffe avec un oreiller, devant Bellick horrifié.
Lors des visites, Sœur Mary Francis, lui remet l’argent, enfin une partie. Elle ne peut pas lui donner le tout vu le contexte d’échange. Mais, elle lui certifie qu’elle le conserve et qu’elle l’attendra une fois dehors.
T-Bag rentre alors avec une importante somme d’argent et s’adresse aux prisonniers…
Pendant ce temps, Alphonso et son fils, qui ont réussi à s’enfuir, arrivent à destination. Une surprise attend McGrady. Toute sa famille est là, heureux de l’accueillir. Ils le protègeront.
A Sona, les sévices à l’encontre de Fernando continuent. Rafael lui demande de creuser un énorme trou. Il le prévient qu’il va l’enterrer vivant s’il ne parle pas. Il lui tend alors un téléphone cellulaire afin qu’il appelle Michael. Une fois en ligne, Fernando ne dit rien à Scofield et lui laisse entendre que tout va bien pour lui. Furieux, Rafael lui prend le téléphone et lui ordonne de sauter dans le trou. Les autres gardes commencent à l’ensevelir.
T-Bag, après avoir fait un discours sur les atrocités et les abus de pouvoirs imposés par feu Lechero, se met à distribuer l’argent à tous les détenus qui ne tardent pas à scander son nom, comme un héros. T-Bag avait prévu cette réaction. Désormais, c’est lui le leader.
Mais alors qu’il était destiné à une mort horrible, le Général intervient. Apparemment, Sucre ne dira rien. Il est inutile de continuer. Il demande à ce qu’il soit réintégré à la prison. Sucre pénètre donc dans l’enceinte en tant que nouveau prisonnier. Rafael lui promet bien des problèmes… Mais Sucre est préoccupé par autre chose… il remarque que tous les prisonniers sont à la botte de T-Bag et comprend qu’il s’apprête à vivre dans une prison où T-Bag est Roi.
A l’hôpital, Sofia a été soignée. LJ est resté à ses côtés comme promis et son père ne tarde pas à les rejoindre. Tous sont réunis. LJ donne à Michael la rose en origami qu’il lui avait confectionné pour son anniversaire alors qu’ils étaient à Fox River. LJ la trouvé par terre juste après que Sara ait été tuée. Michael est ému… Il se remémore les moments forts passés avec elle ; leur rencontre, les visites, les baisers etc.
LJ informe son père que Sofia a parlé d’une mallette cachée sous le lit dans son appartement. Il faudrait la récupérer car elle appartient à Whistler. Mais Lincoln ne veut plus rien entendre. Il en a finit avec la Compagnie et le reste. Désormais, il veut vivre normalement. Mais Michael lui souhaite la vengeance et n’est pas prêt à tout abandonner comme çà. Lincoln décide de l’accompagner.
Mahone est rejoint par Whistler dans le bar. Maintenant, Mahone ne regarde plus la banque mais l’horloge. Car ce RDV était planifié. James paie la note d’Alex et ils s’en vont ensemble. Mahone demande après son argent et Whistler lui dit que c’est Gretchen qui l’a et attend à l’extérieur. Mahone a définitivement rejoint la Compagnie contre la somme de $300,000.
Dans l’appartement de Sofia, Michael et Linc trouvent la mallette sous le lit. Michael l’ouvre avec un levier. Elle contient un dossier sur un certain Jonathan Lief de Scottsdale, Arizona. Michael va enquêter… il ne peut pas lâcher de la sorte et laisser la Compagnie s’en sortir. Tout ce qui leur est arrivé est de la responsabilité de la Compagnie y compris la mort tragique de Sara.
Les frères se prennent dans les bras et se disent « adieu » ; leur route se sépare pour de bon cette fois. Lincoln va prendre soin de son fils et de Sofia probablement.
Michael, en voiture, conduit en direction de l’Arizona… la rose en origami posée sur le siège passager, juste à côté de son revolver.
