L'équipe se remet mal de la disparition de Bellick. Le groupe souhaite récupérer le corps afin qu'il soit transmis à sa mère. Après un refus de l'agent Self et devant l'instance du groupe, Don finit par accepter.
Gretchen remet à l'équipe les dernières pages manquantes du livre. Elle leur confie, par ailleurs, que la Compagnie compte déplacer Scylla. Pendant ce temps, Lisa informe le général que Scylla ne pourra pas être déplacée avant demain matin.
Michael assemble les pages comme un puzzle géant le tout révélant une sorte de plan. Une information est ainsi révélée ; un nom apparaît... celui d'un certain David Baker. Sara recherche alors cet homme à travers les annuaires et autres sites possibles.
Michael s'évanouit.
Sara le conduit immédiatement à l'hôpital. Michael est admis aux urgences sous un faux nom. Il passe des examens et notamment un scanner.
Trishanne mentionne par inadvertance le nom de James Whistler ce qui alerte T-Bag. IL n'avait jamais mentionné son nom auparavant... Du coup, T-Bag se renseigne sur Trishanne auprès du directeur de l'agence GATE.
Gretchen informe à son tour T-Bag du déplacement de Scylla. Elle lui révèle ses intentions. Dès que Michael aura récupérer Scylla, ils lui subtiliserons. Lincoln et Sucre arrivent à ce moment.
Scuderi pose des questions sur le déplacement soudain de Scylla à Pad Man. Celui-ci évoque le nom de David Baker afin d'accélérer la procédure.
Pendant ce temps, Mahone se rend chez David Baker afin de déchiffrer le code que Michael à réussi à extirper des pages du livre mais sans en comprendre la réelle signification. Mais la Compagnie est aussi à sa recherche. Lorsque Mahone arrive, il est accueilli par la femme de David Baker. Cette dernière semble soupçonner quelque chose. Les deux hommes s'entretiennent à propos de Scylla bien que Mahone bluffe sur sa prétendue connaissance de l'objet. Baker avoue à Mahone que Scylla permet de « créer » une nouvelle société mais il réalise alors que Mahone lui ment... Mahone implore son aide mais les agents de la Compagnie sont déjà là !
Dans les tunnels de l'agence Gate, Sucre révèle à Lincoln que Bellick lui a sauvé la vie à Sona. Ils passent par le gros tuyau qu'ils avaient installé la veille et parviennent de l'autre côté. Derrière ce mur se trouve logiquement Scylla. Sucre s'avance et marche sur quelque chose qui émet aussitôt un léger bip. C'est un explosif, une sorte de mine antipersonnelle. Il ne peut plus bouger sans quoi il risquerait de sauter avec la bombe. Leur portable ne passant pas au sous-sol, Lincoln décide de remonter et revient avec Gretchen de force. Cette dernière, ancienne militaire, reconnaît effectivement qu'il s'agit d'une mine antipersonnelle. Elle est néanmoins capable de la neutraliser... mais pour çà, il faut que Fernando se déplace légèrement tout en conservant exactement le même poids exercé sur la mine. Fernando est paralysé et refuse de bouger... il refuse de lui faire confiance. Mais Gretchen leur rappelle que si lui saute, elle aussi !
A l'hôpital, le docteur a reconnu Michael Scofield mais ne compte pas le dénoncer. Au contraire, il souhaite qu'il reste se reposer car son cas l'inquiète. Mais, au vu de la police présente dans les couloirs, Michael et Sara s'enfuient. Le docteur leur promet toute fois de les alerter dès que les résultats lui seront parvenus.
Trishanne admet à T-Bag qu'elle l'a arnaqué mais son but est aussi de faire tomber la Compagnie. En réalité, Trishanne est un flic qui fait équipe avec Don Self.
Entre temps, Lincoln a contacté Mahone et lui a appris la nouvelle. Mahone tente de s'enfuir tandis que Baker est capturé. La femme de celui-ci lui remet alors la légende pour traduire le code de Scylla. Mahone retourne à l'entrepôt et fournit à Michael la traduction. Michael réalise alors que les mines sur lesquelles Sucre a marché ne sont pas vraiment des mines !!! Ceux sont des alarmes et toute tentative risquerait de la provoquer. Cependant, il existe un moyen de la couper manuellement...
Heureusement juste avant que Gretchen ne commence à démonter l'appareil, Mahone surgit et coupe le dispositif d'alarme. Fernando hésite cependant quelques instants à retirer son pied.
De retour à l'entrepôt, Michael informe son frère de ce qui s'est passé à l'hôpital. Au même moment, Self ramène le corps de Bellick au groupe afin que chacun puisse lui dire au revoir une dernière fois. Sucre appelle ensuite la mère de Bellick pour lui annoncer la terrible nouvelle.
T-Bag utilise le poste de Trishanne afin de connaître ses derniers appels. Puis, il contacte un numéro qui revient souvent et qui ne concerne pas l'agence. L'agent Don Self répond... T-Bag comprend que Trishanne est un flic.
Pendant que Michael examine les derniers éléments et tente de déterminer un nouveau plan pour accéder à Scylla, Sara reçoit l'appel du docteur. Michael a une tumeur au cerveau qui nécessite une opération d'urgence, dès demain, sans quoi il pourrait mourir.
