L'agent Don Self cache le corps de Trishanne puis contacte Stanton, son supérieur, pour l'avertir que Michael et Lincoln lui ont tendu une embuscade et ont tué l'agent Trishanne.
Puis, il oblige T-Bag, seul réel témoin, à l'aider à retrouver la trace de Gretchen.
L'équipe, quant à elle, réalise qu'ils se sont fait doubler par Self. Michael appelle l'agence de sécurité du pays et demande à parler à Stanton. Mahone pense que de toute façon Self a du jouer avec ses supérieurs de la même façon qu'il a joué avec eux. Il pense qu'ils devraient tous très vite quitter l'entrepôt.
Michael perd à nouveau du sang par le nez.
Pad Man ne conçoit pas que Michael ait pu lui subtiliser Scylla. IL est hors de lui. En réunion avec tous ses collaborateurs, il explique,la situation. Scuderi l'interroge à ce propos mais le général s'énerve rapidement et finit par l'abattre. Sa fille semble choquée.
Krantz affirme qu'il y a suffisamment d'agents de la Compagnie impliqués financièrement dans le projet Scylla pour que l'on puisse la retrouver dans les plus brefs délais. Et même dès aujourd'hui !!!
Stanton et ses agents arrivent à l'entrepôt. Alors qu'ils pensaient piéger le groupe, ils s'aperçoivent que le lieu est déserté. Mais l'équipe n'est pas loin et observe la scène à quelques pâtés de maisons. Stanton appelle Michael qui lui explique que c'est l'agent Self lui-même qui leur a dérobé Scylla et tué deux agents de sang froid.
Planqués dans un hôtel, l'équipe découvre à la télé qu'une fusillade a eu lieu à l'agence Gate. Mahone suggère qu'ils « récupèrent » Gretchen avant que Self ne le fasse.
Sara retourne à la pharmacie. Elle injecte à Michael un médicament censé contenir l'avancée pendant quelques temps de sa maladie.
Pad Man ordonne à ses acolytes que la priorité est de récupérer Scylla, tout autre projet même personnel passe après.
Pendant ce temps, T-Bag transmets les infos à Gretchen, il interroge Self sur ses motivations. Gretchen contacte Lincoln qui l'informe de la trahison de Don Self. Elle doit justement les rencontrer dans un parc. Self décide de se rendre chez Rita...
Stanton discute avec le sénateur Dallow du deal prévu par l'agent Self avec les anciens prisonniers. Ils briefent également le Marshall Sooter. Il semblerait en effet que les agissements de Self ne soient pas clairs.
Pad Man apprend que Gretchen est toujours à Los Angeles.
Lorsque l'équipe arrive au lieu de rendez-vous prévu dans le parc avec Gretchen, celle-ci n'y est pas ou plus. Au moment où ils cherchent à s'enfuir, Lincoln est capturé par les agents fédéraux à la place de Michael. Gretchen se rend chez sa sœur, Rita, accompagnée de Self. Elle n'a pas vraiment le choix. Et il demande à Gretchen de lui trouver rapidement un autre acheteur pour Scylla sans quoi il attentera à la vie de Rita ou de sa fille.
Lorsque Michael contacte Gretchen, il tombe sur Self qu'il trouve très malin. Self désire brader Scylla. Pendant ce temps, les fédéraux amènent Lincoln à l'entrepôt où le sénateur Dallow l'informe des intentions de Don Self. Il propose à Lincoln et son équipe un nouveau marché en échange, une fois de plus, de leur aide. Lincoln appelle alors son frère. Celui-ci souhaite s'entretenir directement avec Dallow.
Self ordonne à Gretchen de vendre Scylla et de lui dégoter un avion d'ici la fin de la journée.
Michael se rend à l'entrepôt pour rencontrer Stanton et le sénateur Dallow. IL accepte de témoigner contre Self en échange de leur liberté officielle.
Entre temps, Mahone dit à Sucre et Sara que Michael est en train de planifier leur libération et disculpation. ET lorsque Sucre et Sara arrivent à la station de bus dans l'intention de s'échapper, ils décident finalement de rebrousser chemin et de ne plus s'enfuir.
Michael réalise qu'il n'y aura certainement jamais de marché vu la situation actuelle. Mais alors que Stanton s'apprête à abattre Michael à l'entrepôt, l'US Marshall Sooter tue le chef de Self sous leurs yeux. Puis, il dit à Michael et Lincoln qu'ils ont un arrangement avec Pad Man...
Sucre et Sara arrivent alors et découvrent la situation. Lincoln profite de la diversion pour abattre à son tour Sooter. Le sénateur Dallow, qui a assisté à toute la scène, leur déclare qu'il n'a pas les moyens de leur venir en aide. Il part mais les prévient qu'il n'attentera rien contre eux. Sucre dit à Lincoln que Mahone est parti...
Gretchen et Self rencontrent Vikan pour le rachat de Scylla. Vikan les informe qu'il manque une pièce capitale pour que Scylla marche. Le marché ne peut donc pas se faire !!!
Michael avait pris le soin de retirer une pièce à l'arrière de Scylla juste avant de la remettre à Don Self, par précaution. Michael a caché la pièce à l'entrepôt mais personne n'est au courant. Self l'appelle aussitôt, furieux. Il exige de récupérer cette pièce manquante ! Michael lui répond alors « viens la chercher » !!
